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この現象は、いわゆるフォーマットジオメトリの違いに起因するものです。

フォーマットする際、領域の境界はセクタ単位ではなく、BIOSの１シリンダ単位に通常は調整されます（MBRのすぐ次に来る先頭の領域の開始境界を除く）。オンボードATAやUSBのときは、１シリンダ＝63セクタ×255ヘッドですが、
SiliconImageのBIOSでは１シリンダ＝63セクタ×16ヘッドになります。

先に63*255単位でフォーマットしたHDDをSliconImagチップのボードに繋ぐと、63*16の細かい単位で見ようとしますので、63*255での割り当てで割り切れなかった端数が見えてしまいます。それがこの現象です。

このような状態は実はあまり好ましくありません。63*255で割り当てたHDDは、システムからみて63*255で管理しなければならないのですが、そうなっていない状態だからです。たとえばこの端数部分に領域を作った場合、63*255なシステムで扱えなくなったり誤ったフォーマットをする恐れもあるので、
SiliconImageのボードに繋いだときにディスク管理でいじらないほうが無難です。

いっぽう逆に、先にSililonImageのボードにより63*16でフォーマットしたHDDをその他のATAインターフェイスに繋いだときは、端数は見えませんし、少なくとも最近のintelオンボードATAのBIOSでは、既に63*16で作られたものはそのように扱うので、問題は起きません。

そのまま普通に使うのは問題ないようです。

しかし、ディスク管理で領域の削除・追加とか、その他パーティションをいじるツールの使用は避けた方が無難でしょう。

>なるほどでした。SiliconImageのチップが
>何故違う管理の仕方を採用しているのか解りませんが
>疑問点がスッキリして助かりました。有難うございました。
>

過去のしがらみ等から考えるとSiliconImageの方式のほうが、導き出されやすい様な気がします。
LBA登場前のCHSのそれぞれのビット数とか考えると、元々H(ヘッド番号)は4bitで最大16でしたし、
現状、C(シリンダ数)だけが違うだけなので。